Médecin spécialisé en anesthésie-réanimation, titulaire d’un diplôme d’habilitation à diriger des recherches, Benoît Vallet commence sa carrière de professeur des universités-praticien hospitalier en 1998 au CHU de Lille où il a commencé comme interne en 1986, dont il a aussi présidé la Commission médicale d’établissement de 2011 à 2013.
Il devient ensuite Directeur général de la santé jusqu’en 2018 et contribue à la mise en place de cadres et politiques de santé publique sur des problématiques telles que l’antibiorésistance, le chlordécone, le tabagisme, la santé au travail ou encore la santé environnementale.
Benoît Vallet s’investit par ailleurs dans des fonctions internationales. Il siège au Conseil exécutif de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) de 2014 à 2017 et il intervient dans la mise en place de l’Académie de l’OMS à Lyon en 2019.
En 2018, Benoît Vallet est nommé conseiller maître à la Cour des comptes et conseiller scientifique, puis professeur affilié du Master de l’École des affaires publiques de Sciences Po.
Dans le cadre de la crise Covid-19, il est mis à disposition de l’Assistance Publique - Hôpitaux de Paris dès le 18 mars 2020 afin de réaliser un audit des hôpitaux du Grand Est, première région française frappée par l’épidémie, puis il est chargé du volet santé auprès du Délégué interministériel à la stratégie nationale de déconfinement, Jean Castex.
En septembre 2020, Benoît Vallet est nommé président du Conseil d’administration de l’Anses, une fonction non exécutive et non rémunérée. À ce titre, il coordonne et anime les travaux du Conseil, composé des représentants des cinq collèges du Grenelle de l’environnement (État, associations, organisations professionnelles, syndicats de salariés et organisations interprofessionnelles d’employeurs, élus).
Il était Directeur général de l’Agence régionale de santé Hauts-de-France depuis octobre 2020.